没收船舶对船舶所有权的限制主要体现在船舶所有人的船舶所有权被强制消灭，国家取得船舶所有权。国家取得该船舶所有权的法律依据是行政机关作出的关于没收船舶的行政处罚决定或者法院作出的没收船舶的判决，与船舶所有人的意志无关，因而，国家对该船舶的所有权取得是一种原始取得，属于基于公法原因的原始取得。原始取得因法律规定而与船舶和船舶权利发生了割断，取得人取得的所有权为一个完整无限制、无负担的权利，原存于船舶上的限制物权，因原始取得人的合法取得而归于消灭。
但船舶不同于其他财产，常存在船舶优先权、抵押权或者留置权等负担，船舶没收由国家取得所有权后，涉及到对附着在船舶上的船舶优先权、抵押权和留置权的影响。学界对此认识不一，而在海事司法实践中，曾有判例认为船舶被没收拍卖后，买方依然需要以船舶承担船舶优先权担保的债务，引起了人们的关注，并由此展开讨论。一种观点认为船舶优先权是基于法律规定针对船舶所产生的特定权利，船舶被国家机关没收并没有构成法律规定的船舶优先权消灭的原因，船舶被没收和拍卖后，附着于船舶上的优先权并不消灭469。另一种观点认为，行政和刑事上的没收船舶和拍卖属于公法上的处分，船舶经公法上的没收、拍卖后，附着在该船舶上的所有债务或担保均告消灭。
笔者认为上述争议的关键和症结在于如何正确认识没收船舶后，船舶所有权变动的法律后果和没收与拍卖船舶的关系。船舶没收和拍卖具有一定的关联。目前，我国对罚没财物的处理原则是罚没收入一律上缴国库。但没收船舶不同于没收违法所得、罚款、罚金，后者可以直接纳入国库，成为国家财政收入的一部分。船舶是有体物，其本身虽然具有价值，但该价值只有通过对船舶的经营才能体现，而国家取得对船舶的所有权后因其公法主体的性质，不能直接对船舶进行经营。按照1992年国务院《关于公物处理实行公开拍卖的通知》和1986年财政部《罚没财物和追回赃款赃物管理办法》的规定，执法机关依法罚没物品，经法律判决裁定生效后，如果是流通物，则应当通过公开拍卖的方式变价处理，拍卖后的价款上缴国库。因而，船舶没收后，必然要经过拍卖环节。.没收和拍卖是两个不同的行为，没收决定了船舶所有权变动，并依此确定了新的船舶关系，拍卖仅是没收的一种执行手段，其法律后果直接受到没收法律后果的影响。国家因没收而取得船舶所有权属于原始取得，附着在船舶之上的负担即应消灭。将公法上的没收作为船舶所有权发生的原因，并在违法和犯罪行为人的行为侵害了国家利益时，对该行为人的船舶实施剥夺，体现了公法和私法调整相同财产关系存在冲突时，私法服从公法，公法优位于私法的原则。而国家将没收的船舶拍卖变价是其作为船舶所有人对船舶所进行的处分，属于私法处分行为。按照现有法律规定，执法机关必须委托当地政府指定的拍卖行公开进行拍卖，拍卖规则和程序必须遵照《拍卖法》规定。国家对没收船舶的拍卖在性质上属于任意拍卖，经拍卖成交后，竞买人对船舶所有权的取得为继受取得，如果原所有权上存在负担的，该负担即跟随船舶所有权的转移而转移。因没收船舶为国家原始取得船舶所有权，船舶上已有的负担归于消灭。而对该船舶进行拍卖，买受人取得了一艘清洁的船舶，对船舶具有完整的且不受他人私权限制的所有权。
但船舶担保物权人对船舶的权利在船舶没收前即己存在，船舶没收后，他们的利益是否应给予保护，也是海商法学界争议之所在。笔者认为关键在于应当正确认识公法对私权利限制的含义。公权力限制私权利源于私权的过分滥用并进而损害国家和他人利益，目的在于纠正对社会公共利益和他人利益违反的行为，但并不是否认私权利。权利人在不危害社会公共利益的前提下，权利行使以及由此所带来的利益仍然不受公法的限制和剥夺。没收船舶是国家机关对行为人违法或者犯罪的一种制裁措施，它应当仅针对违法行为人或者犯罪分子，而不能波及和影响到其他人及其正当权利。我国刑法对没收财产的规定即体现了该种立法精神，按照第60条，没收财产以前犯罪分子所负的正当债务，需要以没收的财产偿还的，经债权人请求，应当偿还。第64条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔;对被害人的合法财产，应当及时返还;违禁品和供犯罪分子所用的本人财物，应当予以没收。国际公约对此亦有类似的规定，如1958年日内瓦公海公约第19条，“在公海或在任何国家管辖范围以外的任何其他地方，每一国家均可扣押海盗船舶或航空器，或为海盗所夺取并在海盗控制下的船舶和逮捕船上或航空器上人员并扣押船上或航空器上财物。扣押国法院可判定应处的刑罚，并可决定对船舶、航空器或财产所应采取的行动，但不影响善意的第三者的权利”。因此，公法优位于私法应当在行为人个人利益与社会公共利益冲突时才适用，不能任意扩大其范围。船舶优先权人、抵押权人或者留置权人既没有从事违法和犯罪行为，又对船舶所有人的违法和犯罪行为不知情，其合法权利不应当随之受到剥夺。船舶没收后国家取得船舶所有权符合原始取得的特性，应当为原始取得，船舶担保物权随之消灭。但导致船舶担保物权人利益受损，应当得到补偿，该补偿应当从船舶拍卖款中予以扣除。我国台湾地区的学者对此亦有同样的看法，认为没收为船舶所有权原始取得原因之一，于没收宣告前存在于船舶上一切权利，理应归于消灭。但于执行船舶没收时，应于船舶卖得价金中，扣除船舶之负担。
