有权申请船舶所有权登记的人为登记申请人，登记申请人应当是与登记的船舶具有利害关系的人，可分为登记权利人和登记义务人。登记权利人即通过登记在登记簿上反映为直接获得利益的人。如因继承、法院生效的判决、法院拍卖船舶、船舶建造、船舶买卖、赠与等受有船舶利益的人，包括继承人、债权人、竞买人、船舶建造人/委托人、买受人和受赠人等。登记义务人即通过登记在登记簿上反映为直接不获取利益的人。如船舶买卖、赠与关系中的出让人、赠与人等。
在基于一定的事实行为的所产生的船舶所有权情况下，因法律规定的法律事实出现，权利人即当然取得船舶所有权，属于船舶所有权的原始取得，应当为船舶所有权初始登记，船舶所有权登记与该船舶所有人有利害关系，只存在登记权利人。因而，在船舶所有权的初始登记下，船舶所有人应作为登记权利人是唯一申请人，可以径直申请登记。
问题在于因法律行为发生的船舶所有权变动下，船舶所有权变动依据双方的意愿，并对双方利益有一定的影响，此时存在登记权利人和义务人。谁为船舶所有权登记的申请人，各国规定不同。国外立法例上，一些国家和地区对登记采共同申请原则，即除了不动产权利初始登记采单独申请外，其他登记均应由登记权利人和登记义务人共同申请，登记机关才可以受理。如日本不动产登记法将登记申请人规定为登记权利人和义务人，该条适用于船舶所有权登记，我国台湾地区亦有类似的规定。如按照台湾船舶登记法，登记应当由登记权利人和登记义务人或其代理人，共同申请。另有一些国家则采单独申请原则，规定只有登记权利人才为船舶所有权登记的申请人。如挪威海商法、瑞典、俄罗斯等国。
我国《船舶登记条例》将船舶所有权登记的申请人限定于登记权利人。对此是否应当如其他国家那样采共同申请方式，笔者认为船舶所有权登记是否采共同申请原则不仅要考虑不动产登记的一般规定，同时还应当结合船舶自身的属性和功能。船舶不同于不动产，不动产不具有位移性，在不动产交易时，通常只存在主体更换而不存在登记机关改变问题。而船舶所有权登记通常要在船籍港所在地的登记机关进行。对于船籍港的选定，各国和地区规定并不完全相同。有的依自愿原则，由登记申请人自行选择，如我国台湾地区36l，有的则由法律规定，如瑞典。我国依就近原则，由船舶所有人依据其住所或者主要营业所就近选择363。在法律上，船舶虽然比照不动产进行其权属登记，但从构造上，船舶是动产，因航行而具有可移动性，对登记港口的确定和选择即会因登记权利人的不同而不具有固定性。当船舶买卖时，买方和卖方可能处于一国之内的不同地域，甚至处于不同的国家，因而，买方进行船舶所有权登记时，其船籍港通常与船舶原船籍港不同，此时要求权利人和义务人共同申请船舶所有权登记是不现实的，它不仅会造成船舶交易时间延长，增加交易成本，而且亦会阻碍船舶交易的进行。虽然采用共同申请原则，能有助于登记机关对登记的审查，有效地保证不动产登记的真实性，保护当事人合法权益，但如果我们借鉴德国的做法，在登记义务人书面登记承诺下，登记权利人可以直接申请登记364，也可以达到上述目的。因而，船舶所有权登记实行单独申请较为适当。
