即进行船舶所有权登记普遍适用的一般程序。为本登记程序，具有完整性，它记载着所有权从形成到外在化的权利过程，是船舶所有权登记的必经程序。我国船舶登记条例对登记的基本程序做了规定，目前对条例正在进行的修改工作包括了对登记程序的完善。
船舶所有权登记的基本程序主要有:(1)申请。即船舶所有人向船籍港船舶登记机关提出船舶所有权登记的请求，并提交相关的文件，包括足以证明船舶所有人合法身份的文件、船舶技术资料和船舶所有权取得的证明文件的正本和副本。(2)审查。即船舶登记机关对登记申请人提交的文件予以审核，以便决定是否给予船舶所有权登记的过程。审查是登记机关的一项权利，各国在设置船舶权利登记时，均赋予船舶登记机关相应的审查权，但登记机关的审查权不同于其他权利，申请人的申请符合船舶所有权登记条件的，登记机关不得拒绝登记。登记机关审查一般受实体法上船舶所有权变动模式的影响，分为形式审查和实质审查。我国对船舶所有权登记采实质审查，船舶登记机关需对登记申请审查核实。目前正在修改的条例中，拟将其改为形式审查。(3)登记。登记机关对船舶所有权登记进行审查后，符合法律规定，登记机关即准予登记，向船舶所有人颁发船舶所有权证书，授予船舶登记号码，并将船舶所有权记载在船舶登记簿中。各国船舶登记中，大多数国家将船舶所有权证书与船舶国籍证书合而为一，如在英国、利比里亚、新加坡等，称为船舶登记证书，我国目前是将两者分离，所有权证书由船舶所有人保存，国籍证书则随船携带。两者在法律上的作用不同，船舶登记簿具有法律意义，在形式主义模式下，船舶登记簿即具有表明船舶所有权变动、船舶所有权的正确推定和善意保护的效力，即使记载有错误、遗漏，在未经相应程序变更前仍然具有上述效力。而在英国，船舶登记簿仅仅是所有权的初步证据357。目前我国对船舶登记簿的法律属性没有规定，但从其登记对抗要件的规定中，我国船舶登记簿的作用应当与英国类似。
