船舶所有权登记程序的正当性取决于登记程序的独立价值。程序上船舶所有权登记具有虽然体现了实现实体权利的工具价值，但它并非完全依附于实体，亦有其自身的独立存在，并反作用于实体上船舶所有权登记。
(1)程序创设实体权利。某些实体权利的最终设立由程序所决定，只有完成了法定的程序后，实体权利才发生。在现代社会程序决定实体权利的有无并不少见，如国有土地使用权、房屋产权、采矿权等，没有登记程序，即没有上述实体权利。船舶所有权中亦存在类似的情况，在采形式主义模式下，船舶所有权登记为船舶所有权变动的成立要件，只有完成船舶所有权登记程序，船舶所有权才确切地发生变动。在此，登记程序成为船舶所有权变动本身不可缺少的条件，融入船舶所有权的构成中，对船舶所有权的发生具有决定性的作用。没有完成登记程序，所有权即不会发生。(2)程序直接限制实体权利的行使。在一些情况下，虽然实体权利依据实体法规定而产生，但其行使却受到程序的限制，没有完成相应的程序，则实体权利无法行使。如非基于法律行为所引起的船舶所有权变动下，虽然船舶所有权因法律规定的事实的出现而当然发生，无须进行登记，但没有进行船舶所有权登记，则所有人无权处分该船舶。如瑞典海商法规定，死亡人的继承人无须进行船舶所有权或建造中船舶所有权注册，除非继承人又将此财产转让给他人。
