首先，程序上船舶所有权登记以实体上船舶所有权登记的正当性作为基础，这由船舶所有权登记程序的工具价值所决定。实体上船舶所有权登记设定了船舶交易中当事人的权利，程序上船舶所有权登记则是实现该实体权利和义务的手段。在此，程序上的船舶所有权登记依赖和服务于实体上船舶所有权登记，并实现着实体船舶所有权登记的价值和实体登记所确定的目标。
对于程序对实体价值实现的上，美国哲学家罗尔斯从实体正义和程序正义关联上进行了分析。他将程序正义分为三种，一为纯粹的程序正义。即不存在正义结果的实体标准，只存在一定的程序规则，只要遵守该程序规则，实体结果即被认为正义;二为完全程序正义。既存在结果正义的实体标准，又存在满足实现该结果的程序。程序则按照能够保证预期结果实现的目标进行设置，程序实际运行即可达到实体正义;三为不完全程序正义。即虽然存在结果正义的实体标准，但却不存在绝对使该结果得以满足的程序。后两种程序即体现了其作为实现实体内容和价值的工具属性。只有存在具有正当性的实体船舶所有权登记，程序上船舶所有权登记才可以协助实体上船舶所有权变动的最终完成，并发生相应的实体上法律效果。船舶所有权登记实体和程序的相互契合和印证，构成了具有紧密关联的制度统一体，从而实现了船舶交易的良性控制。
其次，实体上船舶所有权登记的正当性来自于对船舶所有权变动模式的选择。在不同模式下，实体船舶所有权登记所起的作用不同，亦决定了程序制度的不同安排。意思主义立法模式下当事人的意思表示为变动的直接因素，登记对船舶所有权变动的影响仅为“船舶所有权未经登记，不得对抗第三人”，船舶所有权登记具有对抗力，不具有公信力。在此基础上，船舶所有权登记程序的设置必定是:(1船舶所有权登记为自愿的行为，是否登记完全取决于当事人的自行决定。C2)登记仅为对船舶所有权变动的一种记载，不具有船舶所有权变动的决定和证明。登记机关对船舶所有权登记的审查采取形式审查的方式，不负责查明需登记的船舶所有权的真伪。C3)因登记不具有公信力，错误登记可以撤销和恢复，即使该船舶的名义上的所有人已将该船舶进行了转让。
在形式主义模式下，登记为船舶所有权变动的不可或缺因素，直接决定着船舶所有权的变动。对船舶所有权变动的影响必然是“只有经过登记，才发生船舶所有权变动的效力”。船舶所有权登记提供了一种对形式上物权变动的信赖，具有公信力。其对程序上船舶所有权登记的要求:c1>登记是强制的行为，不登记，对当事人和第三人均不能发生船舶所有权变动的效力。(2)登记机关对船舶所有权登记采取实质审查的方式，以确保登记的公信力。C3)登记机关应当承担因错误登记给当事人造成损失的赔偿责任。
