《船舶登记条例》除船舶权利登记外，还包括船舶国籍登记，由此《船舶登记条例》并非是专门针对船舶权利的程序规定。《船舶登记条例》存在以下问题:
1.规定了船舶所有权登记的实体问题。从内容上，《船舶登记条例》主要规定了船舶登记机关、船舶登记地点、船舶登记所应提交的申请资料以及登记机关对申请的审查等，在法律定位上应当为船舶登记程序的规定，不应当涉及船舶所有权登记的实体问题。但条例却存在一定数量的实体法条文，不仅包括属于《海商法》的实体权利义务，还包括属于海运行政法的行政权利和义务。对于涉及船舶所有权的主要体现在第5条，该条甚至在文字上与海商法规定基本上一致，不仅混淆了《船舶登记条例》属性，容易引起对船舶所有权登记性质的误解，而且造成立法上的重复和浪费，极易带来立法内容上的矛盾和冲突。
2.与实体上船舶所有权登记的规定不衔接。程序上船舶所有权登记应当按照实体法上船舶所有权变动规则确定登记的程序，以衔接实体法上的船舶所有权登记。《海商法》中登记对船舶所有权变动没有实质影响，且无公信力，决定了《船舶登记条例》中规定的审查应当为形式审查，登记机关只需审查申请人提交的材料是否齐全、形式上是否符合法律要求，而不负责确认材料的真实性。但《船舶登记条例》第14条对船舶所有权登记申请的审查却为实质审查。此外，国家海事局发布的《船舶登记工作程序》中亦规定，船舶登记机关在接受申请人申请时，应当确认申请内容明确、真实，申请材料齐全，否则不予登记。该规定与《海商法》船舶所有权变动立法模式不相协调。而在规定实质审查的同时，《船舶登记条例》却未规定登记机关错误登记的赔偿责任，又与实质审查制度不符，从而，不能很好地解决实务中由于船舶登记机关故意或过失而造成船舶所有人损失的赔偿问题。
3.有关船舶所有权登记的程序规定缺乏相应的法律依据。《船舶登记条例》对船舶范围的规定比海商法更为宽泛，是指各类机动、非机动船舶以及其他水上移动装置和长度大于5米的艇筏，其中包括了20总吨以下的非海商法船舶，同时又规定船舶所有权取得、转让和消灭应当向船舶登记机关登记，扩大了船舶所有权变动时应当登记的船舶范围，形成了非海商法船舶所有权变动亦应当登记的后果。这种以行政法规对《海商法》实体权利义务的改变不符合我国立法法的要求。此外，《船舶登记条例》规定了建造中船舶所有权登记程序，但海商法仅有建造中船舶抵押权登记的规定，没有涉及建造中船舶所有权登记，《船舶登记条例》规定建造中船舶所有权登记程序即欠缺法律依据。
4.船舶所有权登记程序不完备，缺乏自身调整机制。船舶所有权登记是登记机关在申请人提交相应文件的基础上对该材料进行审查而给予船舶所有权登记的过程，登记机关对申请人是否享有船舶权利的了解是间接和抽象的346，其对文件材料的真实判断受认识能力的局限，因而，登记机关对应当给予船舶所有权登记却不予登记的情况、错误登记和遗漏登记的情况即可能发生。而《船舶登记条例》对此却没有规定相应的救济措施，在船舶所有权登记程序中予以调整，致使申请人无法通过船舶所有权登记程序进行相应的申辩，不能及时修正错误。
