船舶所有权登记属性涉及到船舶所有权登记为公法行为抑或为私法行为，如何对其进行规范以及相应制度的配置等问题。我国现有涉及船舶所有权登记的法律、法规为《海商法》和《船舶登记条例》，两个法规甚至在文字上均采用了相同的规定，但按其各自属性，它们被归入不同的范畴。《海商法》为调整平等主体间的海上运输关系、船舶关系，属于私法范畴，《船舶登记条例》则是调整国家对船舶进行监督管理的管理关系，属于公法范畴。在人们的观念中，船舶所有权登记是《船舶登记条例》规定的登记，从《船舶登记条例》立法宗旨上看，目前我国在法律上将船舶所有权登记界定为国家管理行为。学界有人将船舶所有权登记看作是国家对船舶所有权管理行为’38。有人认为，船舶所有权登记一方面是船舶物权的公示方法，另一方面又是船舶登记制度的组成部分，后者船舶登记机关的船舶登记行为具有行政行为的性质。此外，登记机关海事局的行政机关属性也被作为识别船舶所有权登记为管理行为的原因之一。船舶所有权登记的行政管理性质多年来一直影响了我国海商法理论界和相关法律，并且提出异议的甚少。笔者认为将船舶所有权登记认作国家管理行为，是对船舶所有权登记涵义和内在关系的片面理解。
其一，将船舶所有权登记与国家对船舶运输活动的管理混为一谈。船舶所有权登记在于对外表明船舶所有权，而船舶所有权是所有人对船舶所具有的独立支配并排除他人干涉的权利，属于财产权的一种。作为财产权，船舶所有人有权依自己的意志对船舶占有、使用、收益和处分，他人包括国家没有法律明确规定和依据相应程序无权干涉。虽然在社会化大生产下，国家对经济的管理有一定介入，法律亦出现了私法公法化的倾向，但国家对私人财产权的介入仍然是有界限的。当然，船舶有其特殊性，为保障航行安全和防止船舶污染海洋环境，国家需要对营运的船舶行使一定的行政管理权利，以维护社会公共利益。但此时国家管理行为针对的是船舶运输经营者的船舶运输活动以及由此带来的航行安全，如《中华人民共和国国际海运条例》要求国际船舶运输业务的经营人，对其投入运营的船舶应当符合国家规定的海上交通安全技术标准等，但该管理行为并非针对船舶所有权。
其二，模糊了船舶所有权登记与国籍登记的性质。船舶所有权登记不同于船舶国籍登记。船舶国籍登记即船舶所有人按照某一国家船舶登记法律规定的条件和程序，取得该国签发的船舶国籍证书的过程。是取得船舶国籍的必经手段，只有取得船舶国籍，船舶才能从事国际和国内航行，与船旗国形成固定的法律关系，享受船旗国的法律保护和政策优惠。因而，各国均根据主权自主原则，确定取得本国船舶国籍的条件，并经过登记获取船舶国籍。国籍登记其具有较强的国家行政行为的性质，当事人不能任意为之或者不为。
