船舶登记与船舶所有权登记有一定的关联性。依船舶登记真实联系原则，许多主权国家在授予船舶国籍的条件中，强调船舶应为本国公民和法人拥有，非本国公民和法人的船舶因不能取得登记国国籍而无法在该国进行船舶所有权登记，因而，船舶国籍和船舶所有权登记中的船舶所有人具有一致性。同时，船舶所有权登记和船舶登记并不是同一个概念，但在我国常有人将其混淆，在用语上对两者交替使用。
两者的区别:C1)登记范围上。船舶登记的范围较为广泛.，包括了船舶国籍登记和船舶权利登记，或者船舶登记特指船舶国籍登记。而船舶所有权登记的范围则相对较为狭小，在广义的船舶登记中，船舶所有权登记仅为船舶登记的一种，属于船舶权利登记或者私法上的登记，而在狭义的船舶登记中，船舶登记不包括所有权登记。C2)法律属性上。无论广义的抑或是狭义的船舶登记，均包括船舶国籍登记，因而，船舶登记总是含有公法性，一些国家将船舶登记归于船舶国籍登记，更具有较强的公法性和强制性。而船舶所有权登记具有权利确定和证明作用，是私法上的权利对登记的要求，带有私法性。C3)登记所涉及的内容上。国籍登记涉及到船舶的身份，在国际法上，船舶应当具有国籍并悬挂该国国旗航行，才能享有公海航行自由和进出他国港口从事航运经营活动。无国籍船舶在国际法上不受保护，并可能遭到扣押或没收，船舶在一国登记是确认船舶具有该国国籍的充分条件337。而船舶所有权登记涉及到对船舶的权利，通过船舶所有权登记，以划分船舶所有权人与其他人的权利和义务。C4)法律效力上。船舶国籍登记后，船旗国即可对该船舶行使有效的管辖权，给予船舶经营上的优惠以及从事沿海和内河排他经营权，船舶可以悬挂登记国国旗航行，受船旗国法律保护。而船舶所有权登记则按照各国实体法规定发生不同的法律效果。采登记成立要件的，经登记后船舶所有人可以确定地取得船舶所有权。采登记对抗要件的，未经登记，船舶所有权不具有对抗第三人的效力。
