船舶所有权登记既为实体问题，又为程序问题，两者有着不同的构造和功能。包括实体意义上的船舶所有权登记和程序意义上的船舶所有权登记。
实体意义上的船舶所有权登记。即当船舶所有权设立、变更或者终止时，以船舶所有权登记来表明船舶所有权的变动，是船舶所有权变动的公示方式。物权的绝对性、对世性要求物权变动不应仅存于内部，必须转化为可为他人识别的外部关系。而在交易频繁的商品社会，需要对交易秩序设置保障机制，以一定外部表征确认主体对物的归属，为此，法律以技术手段设计了公示。船舶即以登记为物权变动的公示，因而，实体意义的船舶所有权登记代表的是船舶物权的公示性。为此，船舶所有权登记按照一定的规则，划定了船舶交易双方以及与第三人之间的权利义务关系，并成为船舶所有权变动模式的构成部分。实体意义上的船舶所有权登记通常是由实体法加以规定。
程序意义上的船舶所有权登记。即将船舶所有权记载在船舶登记簿的过程。为船舶所有权设立、变更或者撤销登记时的基本程序以及因登记错误的修正程序，包括登记机关、登记申请人、船籍港、提交的登记材料、登记审查和进行登记等内容。我国有学者将船舶所有权登记表述为将船舶所有权的各种变动在船籍港船舶登记机关所设立的专门簿册(船舶登记簿)上予以记载，通过登记以表明船舶所有人身份，为法律对船舶所有人保护提供依据。它为实体船舶所有权登记法律效果的最终实现所设置，并受实体法上所规定的船舶所有权变动模式的限制，与实体上船舶所有权登记在属性上一脉相承。
本章所研究的船舶所有权登记仅指程序意义上的船舶所有权登记。它表明的是将船舶所有权状况加以记载的过程，并不直接和具体规定当事人双方以及第三人的船舶权利和义务关系和法律后果，仅涉及登记申请人或者利害关系人与登记机关之间因船舶所有权登记而形成的程序上权利和义务。程序上的船舶所有权登记由具体的程序所组成，完整的船舶所有权登记程序应当包括船舶所有权登记的基本程序、准备程序和修正程序。因船舶所具有的准不动产属性，决定了在程序上船舶所有权登记与不动产登记具有一定的关联，有关不动产登记的一般规定对船舶所有权登记应当有一定的适用，同时船舶所有权登记又有其具体操作上的规定。明确两者的关系，可以在一定程度上确定程序上船舶所有权登记的立法例。日本的处理是在船舶登记规则中，明确了不动产登记法对船舶所有权登记的适用。
