首先，它是交易安全和交易秩序的需求。保护交易安全是善意取得制度建立的宗旨。私法上保护的安全有两种形态，一为静态安全，法律保护权利人基于所有的本来财产权益，禁止他人非法侵夺。一为动态安全，法律保护交易当事人基于交易行为所取得的利益，又称交易安全。在人类社会初期，静态安全受到保护，而在近代社会工商业日益兴旺和繁荣下，交易安全则得到重视。
现代社会，所有权人和善意第三人利益冲突不可避免。就所有人而言，所有权只能基于正当权源而不能因他人的无权处分丧失，否则所有权人有权请求返还财产。对第三人而言，对所有权绝对保护，善意第三人即会承担不可预知的风险，增大交易征询成本，影响交易便捷。面对上述利益冲突，法律上较为合理的选择是将不利益分配给能以最小成本避免事件发生的一方当事人。依法律经济分析的观点，避免无权处分，财产所有人投入的成本要小于第三人成本297，善意取得制度即以牺牲所有人利益为代价换取了对交易安全的保护，体现了法律的效率原则。而船舶作为一项财产亦处于变动中，船舶交易在国内和国际社会时有发生，同样需要交易安全和快捷，且船舶一般价值较大，如果没有建立起保护交易安全的法律机制，将不利于二手船买卖和新船买卖。
其次，有助于在船舶交易中实现法律公正。对一般动产，不论是以占有的权利外衣抑或是占有公信力所构造的善意取得，在现实中，基于占有所表明的形式上权利与真实权利不符的情形要高于船舶。这是因为随着现代社会经济发展对财产经营方式的改变，出现了大量的为利用他人之物而占有他人财产并且为合法的情形，占有在很多情况下并不能表明所有权。而船舶基于登记却可以大大避免上述情形，船舶登记记载的内容与实际不符的情形主要是因为登记机关过失和船舶所有人、他人故意欺诈，大多与船舶所有人的疏忽和不当心相关，船舶所有人有过错。如果完全由不知情的第三人承担无权处分的风险，有失公平。建立船舶善意取得制度即可以纠正上述后果，真正地实现法律上的公平和正义。
第三，可以解决实务中确实存在登记权利与实际不符而给第三人带来不利益的情形。形式主义物权变动模式下，船舶所有权登记在实质审查下可以较大限度地避免登记权利与真实权利不符，意思主义模式下，亦可以在一定限度内实现登记所记载权利的真实。但任何事物均具有相对性，无论那种模式，都无法保证所登记的船舶权利完全正确无误，而采用欺诈、与登记机关工作人员串通等手段进行虚假登记亦有存在。实践中，还有船舶所有人为经营上需要可能进行不实登记，还存在着船舶买卖后受让人没有进行变更登记，经法院拍卖、法院判决取得船舶所有权的所有人没有去登记等，登记名义人转让船舶，第三人即须承担因船舶所有人过错而造成的登记记载与实际不符的风险，而在目前登记机关登记错误是否承担国家赔偿责任尚不明确下，善意第三人的利益便得不到应有的救济，而建立船舶善意取得制度可以帮助第三人减少上述不应由其承担的损害。
