1.对交易安全保护的弱化。我国《海商法》将登记设置为所有权变动的对抗要件，意思主义立法模式对船舶所有权变动虽有登记作为公示的设置，但登记并不对所有权变动起决定作用，采用不登记不对抗的方式，削弱了登记的可信赖度。经由意思主义立法模式所带来的登记公示和登记的无公信力，并没有给交易提供一个安全的保障。
2.遭遇理论上无法解决的难题。我国《海商法》不登记不对抗的规定致使船舶所有权变动仅具有内部性，未经登记的船舶所有权实际上变成了不具有排他险、支配性的债权，动摇了民法财产法体系中物权和债权的两大基本分类，使物权和债权的划分没有实质意义，破坏了整个财产法体系的逻辑性和完整性。而这种结果是意思主义模式本身所带来的，也是其无法在根本上予以解决的问题。
3.意思主义模式中“登记对抗”结构所带来的第三人范围具有不确定性。意思主义立法模式所面临的最大问题即是其本身所带来登记对抗中第三人范围问题，我国《海商法》仅规定了“未经登记，不得对抗第三人”，却没有对第三人做进一步界定，同样面临着第三人范围的不确定性，并由此产生很多理论和实践中的疑惑和难题。目前我国海商法理论上对第三人范围仍然存在争议，这种理论上的不统一在一定程度上影响了司法实践。2001年7月20日全国海事法院院长座谈会纪要中涉及到船舶所有权未经登记不得对抗第三人的问题，对此形成的意见为:①对根据船舶建造合同、船舶买卖合同、船舶租购合同等合法方式接受船舶，没有依法进行所有权登记的委托建造方或者买受方，其与合同对方之间的权利义务关系依据合同约定和法律规定予以保护;但对于合同之外第三人提出的船舶所有权主张(包括依船舶所有权名义向他人请求船舶损害赔偿等)或者抗辩，法院依法不应支持和保护。②未经船舶所有权登记的船舶买受人不能以其不是船舶登记所有人为由主张免除对其应当承担的民事责任或者义务，当该船舶没有其他登记所有人时，买受人应当独立承担船舶对第三人的侵权民事责任和义务;当该船舶有其他登记船舶所有人时，由登记所有人承担对第三人的侵权民事责任和义务。买受人对在接受或掌管该船舶之后发生的对第三人侵权民事责任亦有过错的，承担连带责任。依据上述意见，变动后船舶所有权在所对抗第三人的范围上并不一致，导致各地法院对第三人范围的认定标准不统一，造成在法律适用上把握的尺度不同，给审判结果带来不确定性，无法引导当事人的行为。
4.对船舶物权变动存在着立法模式上的矛盾。《海商法》中船舶所有权变动采意思主义立法模式，登记是所有权变动的对抗要件。但《海商法》并非调整所有的船舶，仅以海船和其他海上移动式装置为限，将用于军事、政府公务船舶和20总吨以下的小型船艇排除在外。按照《担保法》对船舶抵押的规定，其对船舶抵押权的设立采用了与其他不动产同样原则，登记为抵押权成立要件，为形式主义立法模式。对船舶物权变动规定不同的立法模式，不仅消弱了对物权变动科学模式的彻底坚持，造成法律适用上的困惑和麻烦‘”，而且引发立法逻辑上的混乱和矛盾，在实践中容易产生纠纷。
