国有航运企业是由国家投资设立并从事海上船舶运输的企业，为企业法人。我国现有海商法沿用所有权权能分离理论对国有航运企业中的船舶所有权进行了建构。按照海商法第8条，国家通过将船舶授予给国有航运企业经营管理的方式行使船舶所有权。该规定与其他国有财产所有权采用了基本相同的思路和理论基础，反映出我国整个国有财产的运作和构成模式。国家以所有权和经营权的分离行使财产所有权是党的十二届三中全会针对国有企业改革而提出的改革方针，依两权分离原则建立了我国国家财产所有权的构成:一方面，国家财产属于全民所有，国家作为全民代表在法律上是国家财产的所有人，对国有财产享有所有权;另一方面，基于国家的法律地位，国家通过组建国有企业，按照法人的模式运作，管理和经营国有财产。而国有航运企业中船舶所有权的权利分配亦遵循相同的原理，具有相同的结构。
利权分离的理论基础是大陆法系一物一权和所有权的排他性原理。因大陆法系所有权是针对有体物的一种排他支配性权利，故在一物之上只能存在一个所有权。国有航运企业为企业法人，应当具有独立的财产，才能独立承担民事责任。虽然我国对国有航运企业及船舶处理与其他国有财产不同，海商法有关所有人的规定适用于国有航运企业，且国有航运企业在船舶登记簿上为船舶所有人。但国有航运企业对国有船舶实际上仍仅具有经营管理权，而国家对其设立的各国有航运企业的全部财产包括船舶均享有所有权。
我国现有法律对国有船舶所有权构造的规定在实务中给国有航运企业的海上运输经营活动带来了潜在危机和风险。2000年4月，广州远洋运输公司下属的H公司船舶在南非被扣押，起因于我国某石油公司与印度某公司因所运油品质量纠纷。而该纠纷与广州远洋运输公司和H公司毫无相干，H公司的船舶被扣，只因为我国某石油公司与H公司均为国有企业，在南非法院看来国有企业的财产均属于我国国家所有，属于被扣押的范畴。此外，我国还有一些国有航运企业的船舶在南非接二连三地遭致扣押的案例，对此引起了航运界的广泛关注，学者亦著文指出我国国有船舶被扣是南非法院对我国国有企业的责任制度和资产运作方式的误解所致”。笔者认为上述扣船案例的发生既有国外对我国公有制和企业法人制度理解偏差的因素，也有我国国有航运企业船舶所有权建构自身存在的问题。目前，我国航行于世界各国港口的船舶大多为国有航运企业经营，其船舶所有权构成与案例中的情形基本相同，如果该问题得不到彻底的解决，还会出现国有航运企业经营的船舶在国外被扣的情况，这不仅影响到我国国有航运企业在国际航运市场中的竞争能力，而且影响我国航运经济的长远发展，对此，值得研究。
